Skyrius, vykdydamas pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
6.1. planuoja, organizuoja ir vykdo Agentūros viešuosius pirkimus vadovaujantis viešųjų pirkimų įstatymu:
6.1.1. dalyvauja pirkimo komisijų veikloje, protokoluoja pirkimo komisijų posėdžiuose; 
6.1.2. apibendrina viešojo pirkimo komisijos narių pasiūlymus rengiamiems konkurso dokumentams; 
6.1.3. rengia konkursų dokumentus ir teikia komisijos pirmininkui tvirtinti; 
6.1.4. skelbia informaciją apie viešuosius pirkimus pagal Lietuvos Respublikos viešųjų pirkimų įstatyme bei kituose norminiuose aktuose nustatytą tvarką;
6.1.5. rengia pirkimų dokumentus;
6.1.6. palaiko ryšį su tiekėjais, informuoja pirkimų komisijų pirmininkus, narius apie iš tiekėjų gautus raštus, informuoja tiekėjus apie komisijos priimamus sprendinius;
6.1.7. vadovaudamiesi Lietuvos Respublikos viešųjų pirkimų įstatymo nuostatomis bei Agentūros pirkimų vykdymą reglamentuojančiais dokumentais vykdo viešuosius pirkimus prekių, paslaugų ir darbams įsigyti, esant poreikiui, kreipiasi į Viešųjų pirkimų tarnybą dėl viešųjų pirkimų atitikties Lietuvos Respublikos viešųjų pirkimų įstatymo reikalavimams; 
6.1.8. rengia ataskaitas apie viešuosius pirkimus ir teikia jas Viešųjų pirkimų tarnybai prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės;
6.1.9. kaupia ir apibendrina informaciją apie planuojamus Agentūros pirkimus, vykdo jų kontrolę;
6.1.10. pagal poreikį vykdo Agentūros pirkimų pirminę kontrolę – Pirkimų organizatorių pateiktų mokėjimui skirtų dokumentų atitikimą pirkimą patvirtinantiems dokumentams;
6.1.11. pagal poreikį konsultuoja Agentūros pirkimo organizatorius mažos vertės pirkimų vykdymo klausimais, kontroliuoja bei informuoja apie pasikeitimus viešųjų pirkimų įstatyme;
6.2. atlieka projektų pirkimų priežiūrą jų įgyvendinimo laikotarpiu;
6.3. teikia metodinę pagalbą Agentūros darbuotojams pirkimų klausimais, vykdo mokymus;
6.4. teikia metodinę pagalbą Partneriams ir Projektų vykdytojams bei rengia metodikas ir rekomendacijas  Projektų vykdytojams pirkimų klausimais.