Skyrius, įgyvendindamas nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:

6.1.   užtikrina Agentūros direktoriaus pasirašomų sutarčių, įsakymų ir kitų dokumentų atitikimą Lietuvos Respublikos teisės aktams;

6.2.    pagal kompetenciją dalyvauja rengiant ir atnaujinant valdymo ir kontrolės sistemos aprašymą, teisės aktus, reglamentuojančius veiksmų programos administravimą ir finansavimą, nacionalinių aplinkos apsaugos specialiųjų programų lėšų administravimą, jų detalizavimo dokumentus ir teikia atsakingoms institucijoms pasiūlymus dėl jų keitimo;

6.3.    teisės aktų nustatyta tvarka dalyvauja rengiant projektų atrankos kriterijus, projektų finansavimo sąlygų aprašus ir jų pakeitimus;

6.4.    rengia projektų finansavimo ir administravimo sutarčių šablonus bei juos atnaujina, o sudarius projekto sutartį su pareiškėjais, prižiūri projekto sutarties nuostatų laikymąsi, užtikrina, kad Agentūros administruojamų projektų sutartys ir susitarimai dėl jų pakeitimo atitiktų Lietuvos Respublikos ir ES teisės aktų nuostatas; 

6.5.    rengia pareiškimus, skundus, ieškinius, atsiliepimus (dublikus, triplikus) į ieškinius, kitus procesinius dokumentus, pateikiamus teismams ar ikiteisminėms institucijoms;

6.6.    atstovauja Agentūrai teismuose ir ikiteisminėse institucijose;

6.7.   pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja nagrinėjant piliečių, kitų asmenų, įstaigų ir institucijų pateiktus prašymus, paklausimus, pareiškimus ir skundus bei rengiant atsakymus į juos;

7. Skyrius, įgyvendindamas 5.2. punkte nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:

7.1 atlieka įtariamų pažeidimų tyrimus, nustato pažeidimus, priima sprendimus dėl nustatytų pažeidimų, teisės aktų nustatyta tvarka teikia siūlymus ministerijai arba priima sprendimus dėl ES struktūrinių fondų ir (ar) Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto lėšų grąžinimo ir / ar kitų tolesnių veiksmų, susijusių su projekto įgyvendinimu, praneša apie pažeidimus ir priimtus sprendimus atitinkamoms paramą administruojančiomis, kontroliuojančiomis, specialiosiomis ir teisėsaugos institucijomis bei projekto vykdytojui;

7.2 įtarusi nusikalstamą veiką, apie tai praneša Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybai, paramą administruojančiai institucijai ir ministerijai;

7.3 įtarusi korupcinio pobūdžio nusikalstamą veiklą, apie tai praneša Specialiųjų tyrimų tarnybai, paramą administruojančiai institucijai ir ministerijai;

7.4 konsultuoja Agentūros darbuotojus teisiniais klausimais, susijusiais su agentūros administruojamų projektų vykdymu ir priežiūra.