Skyrius, įgyvendindamas 5 punkte nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
6.1. renka, kaupia ir analizuoja informaciją apie LIFE programos, Dvynių, Lietuvos Respublikos Vystomojo bendradarbiavimo ir paramos demokratijai ir kitų  programų galimybes ir reikalavimus;
6.2. ieško tarptautinių ir nacionalinių partnerių projektų įgyvendinimui, veda derybas, organizuoja sutarčių pasirašymą;
6.3. rengia paraiškas ir konkursinius pasiūlymus, dalyvauja konkursuose; 
6.4. įgyvendina projektus;
6.5. vykdo LIFE programos strateginių gamtos ir integruotųjų projektų Lietuvoje koordinatoriaus funkcijas: bendradarbiauja su projektų partneriais ir tarpininkauja tarp jų bei Europos Komisijos įgaliotų atstovų, teikia metodinę pagalbą, prižiūri, kad projektai būtų įgyvendinami, atsižvelgiant į projektų sutarčių reikalavimus; 
6.6. sistemina bei analizuoja informaciją apie Agentūros tarptautinį bendradarbiavimą ir teikia ją suinteresuotoms institucijoms;
6.7. analizuoja veiklos plėtros galimybes, rengia inovatyvius veiklos ir strateginių pokyčių sprendimus, sudaro biudžetus ir parengia prognozes.