Skyrius, įgyvendindamas  punkte nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
6.1. organizuoja bei atlieka projektų patikras vietose:
6.1.1. sudaro metinius projektų patikrų vietoje planus ir vadovaudamasis Projektų administravimo ir finansavimo taisyklėse ir vadovaujančiosios institucijos ir (ar) kitais nustatytais reikalavimais atlieka projektų patikras vietose teisės aktų nustatyta tvarka;
6.1.2. pagal kompetenciją užtikrina, kad projektai būtų įgyvendinami laikantis teisės aktais nustatytų kokybės reikalavimų, darbų apimtys atitiktų finansavimo sąlygas;
6.1.3. pagal kompetenciją užtikrina, kad projektai būtų įgyvendinami toje teritorijoje, kuri numatyta projekto sutartyje ir (ar) veiksmų programoje;

* sąvoka „administravimas“ apima tarpinei institucijai teisės aktais priskirtas funkcijas pasirengimo projektų įgyvendinimui, projektų įgyvendinimo, uždarymo ir monitoringo etapais.

6.1.4. pagal kompetenciją užtikrina, kad projektų vykdytojai laikytųsi informavimo reikalavimų;
6.1.5. Agentūros procedūrų vadove nustatyta tvarka vykdo pateiktų rekomendacijų įgyvendinimo priežiūrą;
6.2. pagal kompetenciją dalyvauja rengiant ir atnaujinant valdymo ir kontrolės sistemos aprašymą, teisės aktus, reglamentuojančius veiksmų programų administravimą ir finansavimą, jų detalizavimo dokumentus ir teikia atsakingoms institucijoms pasiūlymus dėl jų keitimo;
6.3. dalyvauja kuriant ir plėtojant APVIS, registruoja informaciją apie atliekamas patikras;
6.4. įdiegia ir taiko priemones kovai su sukčiavimu;
6.5. taiko rizikos valdymo priemones, susijusias su pavestų projektų patikrinimu;
6.6. pagal kompetenciją vykdo dvigubo tos pačios veiklos tų pačių išlaidų finansavimo rizikos prevenciją;
6.7. informuoja Agentūros direktorių apie nustatytus trūkumus bei įtariamus pažeidimus;
6.8. pagal kompetenciją teikia derinti rengiamus su institucijos atliekamų funkcijų įgyvendinimu susijusius dokumentus ir jų projektus; 
7.  Be aukščiau išdėstytų funkcijų, skyrius vykdo šias funkcijas:
7.1. teikia veiklos procesų efektyvinimo pasiūlymus, su kitais Agentūros struktūriniais padaliniais dalyvauja jų įgyvendinime;
7.2.  bendradarbiauja su kitais Agentūros struktūriniais padaliniais, pagal kompetenciją teikia  jiems informaciją;
7.3. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja rengiant Agentūros ir kitų institucijų teisės aktų projektus;
7.4. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja nagrinėjant piliečių, kitų asmenų, įstaigų ir institucijų pateiktus prašymus, paklausimus, pareiškimus ir skundus bei rengiant atsakymus į juos;
7.5. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja Agentūros ir kitų institucijų organizuojamuose pasitarimuose, posėdžiuose, darbo grupių ir komisijų veikloje;
7.6. formuoja ir tvarko Skyriaus bylas, ruošia bei nustatyta tvarka perduoda jas archyviniam saugojimui;
7.7. pagal Skyriaus kompetenciją atlieka kitas Lietuvos Respublikos ir Europos Sąjungos teisės aktuose nustatytas funkcijas, vykdo kitus Agentūros vadovybės pavedimus