Departamentas, įgyvendindamas 5 punkte nurodytus uždavinius, vadovaujantis teisės aktais ir procedūrų vadovu atlieka šias funkcijas:
6.1.    dalyvauja pasirengime priemonių/projektų įgyvendinimui;
6.2.    organizuoja projektų atranką;
6.3.    administruoja ir/arba įgyvendina priemones/projektus;
6.4.    užtikrina priemonių/projektų tinkamą lėšų panaudojimą ir rodiklių pasiekimą;
6.5.    užtikrina stebėseną po projektų pabaigos;
6.6.    teikia informaciją apie projektų rengimo, įgyvendinimo reikalavimus, ir teisės aktų nustatyta tvarka skelbia šią informaciją, organizuoja asmenų susijusių su Departamentui priskirta veiklos sritimi mokymą bei švietimą. 
6.7.    renka finansams valdyti, stebėsenai, tikrinimui, auditui būtinus duomenis apie projektų įgyvendinimą, užtikrina audito seką, saugo gaunamus ir rengiamus dokumentus, kurie susiję su priskirtų programų ir projektų administravimu ir kurių reikia audito sekai užtikrinti; 
6.8.    bendradarbiauja su kitais Agentūros struktūriniais padaliniais, pagal kompetenciją teikia jiems informaciją;
6.9.    pagal Departamento kompetenciją dalyvauja nagrinėjant piliečių, kitų asmenų, įstaigų ir institucijų pateiktus prašymus, paklausimus, pareiškimus ir skundus bei rengiant atsakymus į juos;
6.10.    pagal Departamento kompetenciją dalyvauja Agentūros ir kitų institucijų organizuojamuose pasitarimuose, posėdžiuose, darbo grupių ir komisijų veikloje; 
6.11.    formuoja ir tvarko Departamento bylas, ruošia bei nustatyta tvarka perduoda jas archyviniam saugojimui;
6.12.    pagal Departamento kompetenciją atlieka kitas Lietuvos Respublikos teisės aktuose nustatytas funkcijas, vykdo kitus Agentūros vadovybės pavedimus;
6.13.    atlieka kitas funkcijas, būtinas institucijos funkcijoms užtikrinti.