Skyrius, įgyvendindamas  punkte nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
6.1. įgyvendinti sudarytą IT strategijos rekomendacijų planą;
6.2. formuoja ir įgyvendina programinės ir kompiuterinės įrangos plėtros ir palaikymo politiką;
6.3. nustato IS poreikius, užtikrina tinkamą IS sukūrimą, tobulinimą, testavimą ir įdiegimą;
6.4. teikia pasiūlymus dėl geresnio ir efektyvesnio esamų IS panaudojimo, IS funkcionalumo tobulinimo;
6.5. diegia ir administruoja Robotinio procesų automatizavimo sistemas;
6.6. pagal Skyriaus kompetenciją rengia techninę dokumentaciją kompiuterinės ir programinės įrangos pirkimams;
6.7. prižiūri Agentūros reprezentacinį ir kitus internetinius tinklapius;
6.8. palaiko programas bei sistemas, atitinkančias Agentūros poreikius ir standartus;
6.9. užtikrina tinkamą tarnybinių stočių ir jose kaupiamos informacijos bei sukurtų duomenų bazių apsaugą pagal LR ir ES teisės aktų reikalavimus;
6.10. kaupia ir sistemina su Agentūros IS susijusią medžiagą;
6.11. teikia konsultacijas Agentūros darbuotojams kompiuterių, programinės įrangos ir sukurtų IS naudojimo techniniais klausimais;
6.12. užtikrina saugų ir nepertraukiamą valdomų IS funkcionavimą;
6.13. užtikrina tinkamą kompiuterinės ir programinės įrangos apskaitą;
6.14. užtikrina tinkamą tarnybinių stočių ir jose kaupiamos informacijos apsaugos stebėjimą;
6.15. nustato ir fiksuoja atsiradusius IS sutrikimus, Agentūros informacinių technologijų paslaugų gavimo bei teikimo sąlygų nesilaikymo atvejus ir organizuoja jų šalinimą;
6.16. diegia programinę įrangą kompiuterinėse darbo vietose ir tarnybinėse stotyse;
6.17. atlieka naudotojų prieigos prie išorinių informacinių sistemų teisių administravimą;
6.18. užtikrina Agentūros informacijos ir kibernetinio saugumo politikos įgyvendinimą ir vystymą, organizuoja kibernetinių incidentų tyrimus, nustato įvykusius incidentus, organizuoja jų šalinimą;
6.19. bendradarbiauja su kitais Agentūros struktūriniais padaliniais, pagal kompetenciją teikia jiems informaciją;
6.20. pagal kompetenciją ir teisės aktų nustatyta tvarka teikia institucijoms ir įstaigoms, projektų vykdytojams ir visuomenei informaciją;
6.21. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja rengiant Agentūros ir kitų institucijų teisės aktų projektus;
6.22. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja nagrinėjant piliečių, kitų asmenų, įstaigų ir institucijų pateiktus prašymus, paklausimus, pareiškimus ir skundus bei rengiant atsakymus į juos;
    6.23. pagal Skyriaus kompetenciją dalyvauja Agentūros ir kitų institucijų organizuojamuose pasitarimuose, posėdžiuose, darbo grupių ir komisijų veikloje;
6.24. renka finansams valdyti, stebėsenai, tikrinimui, auditui būtinus duomenis, užtikrina audito seką, saugo gaunamus ir rengiamus dokumentus, kurie susiję su Skyriaus veikla;
6.25. pagal Skyriaus kompetenciją atlieka kitas Lietuvos Respublikos ir Europos Sąjungos teisės aktuose nustatytas funkcijas, vykdo kitus Agentūros vadovybės pavedimus.