Skyrius, vykdydamas pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
6.1. teikia LR aplinkos ministerijai informaciją, kurios reikia Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos (toliau – Aplinkos ministerija) strateginių tikslų ir programų planams rengti ir įgyvendinimo rezultatams vertinti;
6.2. sudaro Agentūrai priskirtų administruoti programų išlaidų sąmatas;
6.3. dalyvauja rengiant Agentūros metines veiklos ataskaitas;
6.4. teisės aktuose numatyta tvarka ir terminais rengia ir teikia ataskaitas Lietuvos Respublikos  finansų, aplinkos ministerijoms bei kitoms institucijoms;
6.5. kontroliuoja gautų asignavimų, naudojimą einamaisiais metais ir, esant poreikiui, suderinus su skyriais, teikia pasiūlymus Aplinkos ministerijai dėl lėšų poreikio padidinimo/sumažinimo, lėšų perskirstymo tarp atskirų projektų;
6.6. pagal kompetenciją dalyvauja rengiant priemonių projektų finansavimo sąlygų aprašus ir jų pakeitimus;
6.7. nustato didžiausią leistiną skirti projektui ES struktūrinių fondų ir Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto lėšų dydį;
6.8. teikia atitinkamoms institucijoms informaciją apie išlaidų deklaracijas, metines sąskaitas ir deklaruotinų projektų išlaidų ataskaitas, informaciją apie patikrinimus, atliktus tvirtinant išlaidų deklaracijas ir metines ataskaitas;
6.9. teikia vadovaujančiajai institucijai, Aplinkos ministerijai ar tvirtinančiajai institucijai informaciją apie patikrinimus, atliktus tvirtinant išlaidų deklaracijas ir metines ataskaitas;
6.10. rengia planuojamų išmokėti projektų vykdytojams Europos Sąjungos struktūrinių fondų ir Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto lėšų prognozes (tik 2024 m. I ketv.);
6.11. pagal kompetenciją teikia ministerijai informaciją, kurios reikia metinei ir galutinei veiksmų programos įgyvendinimo ataskaitoms rengti ir ES struktūrinių fondų lėšų panaudojimo vertinimui atlikti (tik 2024 m. I ketv.);
6.12. organizuoja Agentūros buhalterinės apskaitos tvarkymą, vadovaujantis teisės aktais, reglamentuojančiais biudžetinių įstaigų buhalterinę apskaitą;
6.13. užtikrina finansinių ir ūkinių operacijų, valstybės biudžeto ir Europos Sąjungos lėšų naudojimo teisėtumą įstatymų nustatyta tvarka bei teisingą dokumentų įforminimą;
6.14. pagal kompetenciją atlieka teisės aktų nustatytas funkcijas, susijusias su Europos Sąjungos fondų, Lietuvos valstybės biudžeto lėšų išmokėjimu projektų vykdytojams;
6.15. dalyvauja rengiant Europos Sąjungos struktūrinių fondų, projektų, Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto grąžintinų lėšų apskaitą; 
6.16. renka finansams valdyti, stebėsenai, tikrinimui, auditui, Europos Sąjungos struktūrinių fondų, nacionalinių programų lėšų panaudojimo vertinimui atlikti būtinus duomenis apie projektų įgyvendinimą, užtikrina audito seką, saugo gaunamus dokumentus, kurie susiję su programų administravimu ir kurių  reikia audito sekai užtikrinti; 
6.17. pagal kompetenciją užtikrina vadovaujančiosios institucijos atsakomybe atliekamų,  atsakomybės ir funkcijų paskirstymo tarp institucijų, įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programą, taisyklėse nustatytų užduočių įgyvendinimą (tik 2024 m.  I ketv.);
6.18. įgyvendina vadovaujančiosios institucijos nustatytus jos atsakomybe atliekamų funkcijų įgyvendinimo reikalavimus, teikia rekomendacijas dėl vadovaujančiosios  institucijos atsakomybe atliekamų funkcijų įgyvendinimo ir įgyvendinančiosios institucijos vidaus sistemos tobulinimo;
6.19. taiko rizikos valdymo priemones, nustatytų funkcijų įgyvendinimu;
6.20. pagal kompetenciją vadovaujančiosios/administruojančios institucijos prašymu teikia derinti pagal kompetenciją rengiamus, projektus;
6.21. pagal kompetenciją dalyvauja atliekant programų/priemonių stebėseną, teikia ministerijai informaciją, kurios reikia ataskaitoms rengti ir Europos Sąjungos struktūrinių fondų lėšų panaudojimo vertinimui atlikti;
6. 20. atlieka kitas funkcijas, būtinas tarpinės institucijos funkcijoms užtikrinti
7. Skyrius, vykdydamas 5.2. punkte pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
7.1. tikrina projektų vykdytojų teikiamus mokėjimo prašymus, nustato mokėjimo prašymuose nurodytų išlaidų tinkamumą finansuoti;
7.2. dalyvauja projektų patikrose vietose teisės aktų nustatyta tvarka (jeigu numatyta, kad turi dalyvauti finansininkas);
7.3. pagal kompetenciją dalyvauja rengiant ir keičiant  projektų sutartis;
7.4. dalyvauja/  užtikrina, kad būtų atliekami galimų pažeidimų tyrimai, susiję su priskirtų administruoti programų ir projektų lėšų netinkamu panaudojimu;
7.5. renka finansams valdyti, stebėsenai, tikrinimui, auditui būtinus duomenis apie projektų įgyvendinimą, užtikrina audito seką, saugo gaunamus ir rengiamus dokumentus, kurie susiję su priskirtų program, projektų administravimu ir kurių reikia audito sekai užtikrinti;
7.6. pagal kompetenciją rengia informaciją, skirtą galimiems ir (arba) esamiems pareiškėjams, projektų vykdytojams. Konsultuoja finansiniais klausimais, užtikrina reikalingos finansinės  informacijos pateikimą;
7.7. atlieka projektų finansų priežiūrą jų įgyvendinimo laikotarpiu;
7.8. atlieka išlaidų tinkamumo vertinimą ir deklaravimą;
7.9. tikrina projektų vykdytojų mokėjimo prašymuose nurodytų išlaidų tinkamumą finansuoti ir deklaruoti vadovaujančiajai institucijai;
7.10. rengia mokėjimo prašymus, paraiškas, pažymas;
7.11. organizuoja ir vykdo netinkamų finansuoti išlaidų  ir (ar) kitų reikalaujamų pagal teisės aktus grąžinti lėšų grąžinimą. Rengia informaciją apie grąžintinas ir grąžintas lėšas;
7.12. derina su skyriais ir  teikia informaciją apie poreikį tikslinti sąmatas;
7.13. rengia ataskaitas bei finansinę informaciją apie planuojamas išmokėti, panaudotas lėšas,  nepanaudojimo priežastis, uždeklaruotas ir nedeklaruotas lėšas;

8. Skyrius, įgyvendindamas  punkte nurodytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
8.1. dalyvauja inventorizuojant Agentūrai priklausantį turtą;
8.2. bendradarbiauja su kitais Agentūros struktūriniais padaliniais, pagal kompetenciją teikia jiems informaciją;
8.3. pagal kompetenciją dalyvauja nagrinėjant piliečių, kitų asmenų, įstaigų ir institucijų pateiktus prašymus, paklausimus, pareiškimus ir skundus bei rengiant atsakymus į juos ;
8.4. pagal kompetenciją dalyvauja Agentūros ir kitų institucijų organizuojamuose pasitarimuose, posėdžiuose, darbo grupių ir komisijų veikloje;
8.5. formuoja ir tvarko Skyriaus bylas, ruošia bei nustatyta tvarka perduoda jas archyviniam saugojimui.